Al crear la diócesis de Tlaxcala 1959, el papa Juan XXIII ordenaba al nuevo Obispo que “funde un seminario, al menos para la etapa elemental, para recibir a los jóvenes llamados al sacerdocio” (Seminarium saltem elementarium condat, pueris excipiendis ad sacerdotii munus vocatis). Cfr. Bula Cristianorum gregem, 23 mayo de 1958, AAS 51 [1959].

Una vez establecida la nueva Iglesia particular, Mons. Luis Munive y Escobar, expresó como una de sus primeras preocupaciones la creación del seminario. Así con la ayuda de sacerdotes, religiosos (as) e instituciones como Adveniat, promovió la construcción del “corazón de la Diócesis”.

La construcción inició el día 19 de marzo de 1960, colocando la primera piedra el Delegado Apostólico Luigi Raimondi.

15 de febrero de 1962, se decreta la fundación del Seminario Conciliar de Ntra Sra de Ocotlán.

El Seminario Mayor comenzó a ocupar las instalaciones a partir del 20 de octubre de 1967.

Será hasta el 25 de marzo de 1967, Bodas de Plata del Señor Obispo, que de manera oficial el Seminario abra sus puertas. Acude a la bendición del lugar el Delegado Apostólico.

La capilla central fue construida en 1970.